えーっと、

The next release of setuptools includes Jython trunk support!
ってSetuptoolsOnJython - JythonWikiにかかれているのだけれども、次のバージョンのsetuptoolsでJythonのtrunkがサポートされるって事ですよね。と言うことは、Jythonでsetuptoolsを使うにはsetuptools側の対応も必要って事ですね。とりあえずPYTHONPATHをdocutilsに通すだけではうまく動いてくれなかった。docutils on Jythonもは遠いなぁ。