EclipseのBundleから取得したクラスの持つURLはファイルシステムからではないためか、bundleresourceというプロトコルで管理されている模様。bundleresourceからJavaネイティブなURLに変換するには
URL url = hoge.getClass().getResource("hoge.class");
URL nativeURL = org.eclipse.core.runtime.Platform.resolve(url);
としてあげるんだもな。
そうしてあげるといつもどおりのfileプロトコルが使えるぞ。